در صورتی که عده‌ای از اعضای انجمن علاقه‌مند به یک حوزه تخصصی در زمینه علوم و مهندسی کامپیوتر باشند، انجمن اقدام به تأسیس گروه تخصصی در آن زمینه و تهیه بودجه مورد نیاز برای انجام فعالیت‌های آن گروه می‌نماید. اعضای گروه‌های تخصصی انجمن در جلسات و گردهمایی‌های خود به ارائه سخنرانی، انتقال تجربیات و هرگونه بحث تخصصی دیگر در موضوع آن گروه می‌پردازند. سرپرست هر گروه تخصصی که مسئولیت هماهنگی فعالیت‌های گروه و ارتباط با هیأت مدیره انجمن را دارد از سوی انجمن تعیین می‌گردد.

انجمن انفورماتیک ایران تا کنون 7 گروه تخصصی را به نام‌های زیر تأسیس نموده است:
1- گروه تخصصی شبکه و سخت افزار
2- گروه تخصصی راهبری و مدیریت خدمات فناوری اطلاعات
3- گروه تخصصی اینترنت و رایانش ابری
4- گروه تخصصی نرم افزارهای پایه
5- گروه تخصصی نرم افزارهای پیشرفته سازمانی
6- گروه تخصصی بانک های اطلاعاتی و کلان داده
7- گروه تخصصی تحلیل، طراحی و معماری